Microbiological characteristics of bloodstream infections in a reference hospital in northeastern Brazil / Características microbiológicas de infecções da corrente sanguínea em hospital de referência no nordeste do Brasil

Abstract Routine blood culture is used for the detection of bloodstream infections by aerobic and anaerobic bacteria and by common pathogenic yeasts. A retrospective study was conducted in a public hospital in Maceió-AL, by collecting data of all medical records with positive blood cultures. Out of the 2,107 blood cultures performed, 17% were positive with Staphylococcus coagulase negative (51.14%), followed by Staphylococcus aureus (11.21%) and Klebsiella pneumoniae (6.32%). Gram-positive bacteria predominated among positive blood cultures, highlighting the group of Staphylococcus coagulase-negative. While Gram-negative bacteria had a higher number of species among positive blood cultures.

Resumo A cultura sanguínea de rotina é usada para a detecção de infecções na corrente sanguínea por bactérias aeróbias e anaeróbias e por leveduras patogênicas comuns. Estudo retrospectivo realizado em hospital público de Maceió-AL, por meio da coleta de dados de todos os prontuários com culturas sanguíneas positivas. Das 2.107 culturas sanguíneas realizadas, 17% foram positivas com Staphylococcus coagulase negativo (51,14%), seguido por Staphylococcus aureus (11,21%) e Klebsiella pneumoniae (6,32%). As bactérias Gram-positiva predominaram entre as culturas de sangue positivas, destacando-se o grupo das Staphylococcus coagulase-negativo. Enquanto as bactérias Gram-negativas apresentaram um número maior de espécies entre as culturas de sangue positivas.

Microbiological characteristics of bloodstream infections in a reference hospital in northeastern Brazil

Abstract Routine blood culture is used for the detection of bloodstream infections by aerobic and anaerobic bacteria and by common pathogenic yeasts. A retrospective study was conducted in a public hospital in Maceió-AL, by collecting data of all medical records with positive blood cultures. Out of the 2,107 blood cultures performed, 17% were positive with Staphylococcus coagulase negative (51.14%), followed by Staphylococcus aureus (11.21%) and Klebsiella pneumoniae (6.32%). Gram-positive bacteria predominated among positive blood cultures, highlighting the group of Staphylococcus coagulase-negative. While Gram-negative bacteria had a higher number of species among positive blood cultures.

Resumo A cultura sanguínea de rotina é usada para a detecção de infecções na corrente sanguínea por bactérias aeróbias e anaeróbias e por leveduras patogênicas comuns. Estudo retrospectivo realizado em hospital público de Maceió-AL, por meio da coleta de dados de todos os prontuários com culturas sanguíneas positivas. Das 2.107 culturas sanguíneas realizadas, 17% foram positivas com Staphylococcus coagulase negativo (51,14%), seguido por Staphylococcus aureus (11,21%) e Klebsiella pneumoniae (6,32%). As bactérias Gram-positiva predominaram entre as culturas de sangue positivas, destacando-se o grupo das Staphylococcus coagulase-negativo. Enquanto as bactérias Gram-negativas apresentaram um número maior de espécies entre as culturas de sangue positivas.

Bloodstream infections and antibiotic resistance at a regional hospital, Colombia, 2019-2021 / Infecciones del torrente sanguíneo y resistencia a los antibióticos en un hospital regional en Colombia, 2019-2021 / Infecções de corrente sanguínea e resistência a antibióticos em um hospital regional, Colômbia, 2019-2021

ABSTRACT Objectives. To assess antibiotic susceptibility of World Health Organization (WHO) priority bacteria (Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Salmonella spp., Staphylococcus aureus, and Streptococcus pneumoniae) in blood cultures at the Orinoquía regional hospital in Colombia. Methods. This was cross-sectional study using routine laboratory data for the period 2019-2021. Data on blood samples from patients suspected of a bloodstream infection were examined. We determined: the total number of blood cultures done and the proportion with culture yield; the characteristics of patients with priority bacteria; and the type of bacteria isolated and antibiotic resistance patterns. Results. Of 25 469 blood cultures done, 1628 (6%) yielded bacteria; 774 (48%) of these bacteria were WHO priority pathogens. Most of the priority bacteria isolated (558; 72%) were gram-negative and 216 (28%) were gram-positive organisms. Most patients with priority bacteria (666; 86%) were hospitalized in wards other than the intensive care unit, 427 (55%) were male, and 321 (42%) were ≥ 60 years of age. Of the 216 gram-positive bacteria isolated, 205 (95%) were Staphylococcus aureus. Of the 558 gram-negative priority bacteria isolated, the three most common were Escherichia coli (34%), Klebsiella pneumoniae (28%), and Acinetobacter baumannii (20%). The highest resistance of Staphylococcus aureus was to oxacillin (41%). For gram-negative bacteria, resistance to antibiotics ranged from 4% (amikacin) to 72% (ampicillin). Conclusions. Bacterial yield from blood cultures was low and could be improved. WHO priority bacteria were found in all hospital wards. This calls for rigorous infection prevention and control standards and continued surveillance of antibiotic resistance.

RESUMEN Objetivos. Evaluar la sensibilidad a los antibióticos de las bacterias incluidas en la lista prioritaria de la Organización Mundial de la Salud (OMS) (Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Salmonella spp., Staphylococcus aureus y Streptococcus pneumoniae) en hemocultivos en el Hospital Regional de la Orinoquía en Colombia. Métodos. Se trata de un estudio transversal que empleó datos rutinarios de laboratorio del período comprendido entre los años 2019 y 2021. Se examinaron datos de muestras de sangre de pacientes con presunción clínica de infección del torrente sanguíneo. Se determinó el número total de hemocultivos realizados y la proporción cultivos con resultados, las características de los pacientes con bacterias prioritarias, así como el tipo de bacterias aisladas y los patrones de resistencia a los antibióticos. Resultados. De 25 469 hemocultivos realizados, se aislaron bacterias en 1628 (6%); 774 (48%) con agentes patógenos prioritarios de la OMS. La mayoría de las cepas bacterianas prioritarias aisladas (558; 72%) eran gramnegativas y 216 (28%), organismos grampositivos. La mayoría de los pacientes con bacterias prioritarias (666; 86%) fueron hospitalizados en salas distintas de la unidad de cuidados intensivos, 427 (55%) eran varones y 321 (42%) tenían 60 años o más. De las 216 bacterias grampositivas aisladas, 205 (95%) eran Staphylococcus aureus. De las 558 bacterias prioritarias gramnegativas aisladas, las tres más comunes fueron Escherichia coli (34%), Klebsiella pneumoniae (28%) y Acinetobacter baumannii (20%). La mayor resistencia de Staphylococcus aureus fue a la oxacilina (41%). Entre las bacterias gramnegativas, la resistencia a los antibióticos varió del 4% (amikacina) al 72% (ampicilina). Conclusiones. El aislamiento de bacterias en los hemocultivos fue bajo y podría mejorarse. Se encontraron bacterias de la lista prioritaria de la OMS en todas las salas del hospital, por lo que es necesario aplicar rigurosas normas de prevención y control de infecciones y realizar una vigilancia continua de la resistencia a los antibióticos.

RESUMO Objetivos. Avaliar a suscetibilidade a antibióticos das bactérias consideradas prioritárias pela Organização Mundial da Saúde (OMS) (Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Salmonella spp., Staphylococcus aureus e Streptococcus pneumoniae) em hemoculturas coletadas no hospital regional de Orinoquía na Colômbia. Métodos. Estudo transversal utilizando dados laboratoriais de rotina do período 2019-2021. Foram examinados os dados de amostras de sangue de pacientes com suspeita de infecção de corrente sanguínea. Determinamos o número total de hemoculturas realizadas e a proporção de culturas com rendimento, as características dos pacientes com bactérias prioritárias, e o tipo de bactéria isolada e padrões de resistência a antibióticos. Resultados. Das 25.469 hemoculturas realizadas, 1.628 (6%) foram positivas para bactérias, sendo que 774 (48%) dessas bactérias eram da lista de agentes patogênicos prioritários da OMS. A maioria das bactérias prioritárias isoladas (558; 72%) eram gram-negativas e 216 (28%) eram gram-positivas. A maioria dos pacientes com bactérias prioritárias (666; 86%) estava internada em enfermaria, e não em unidade de terapia intensiva. 427 (55%) eram homens e 321 (42%) tinham ≥ 60 anos de idade. Das 216 bactérias gram-positivas isoladas, 205 (95%) eram Staphylococcus aureus. Das 558 bactérias gram-negativas prioritárias isoladas, as três mais frequentes foram Escherichia coli (34%), Klebsiella pneumoniae (28%) e Acinetobacter baumannii (20%). O Staphylococcus aureus apresentou maior resistência à oxacilina (41%). Entre as bactérias gram-negativas, a resistência aos antibióticos variou entre 4% (amicacina) e 72% (ampicilina). Conclusões. O rendimento bacteriano das hemoculturas foi baixo e pode ser melhorado. As bactérias consideradas prioritárias pela OMS foram encontradas em todas as enfermarias do hospital. Os achados exigem normas rigorosas de prevenção e controle de infecção, e vigilância contínua da resistência bacteriana a antibióticos.

Sensitivity profile of blood culture isolates in a clinical analysis laboratory, Fortaleza, CE / Perfil de sensibilidade de isolados de hemocultura em um laboratório de análises clínicas, Fortaleza, CE / Perfil de sensibilidad de hemocultivos aislados en un laboratorio de análisis clínicos, Fortaleza, CE

Background and objectives: bacteremia is defined from the presence of bacteria in the bloodstream. Its clinical importance is associated with the high morbidity and mortality rate in the world. In severe cases, it can culminate in sepsis, with a constant increase in cases in Brazil. Therefore, this study aims to assess the main bacterial isolates in blood cultures and a possible change in their sensitivity profiles in a clinical analysis laboratory in Fortaleza, Ceará. Methods: an epidemiological, descriptive, retrospective study was carried out, with a quantitative approach of positive blood cultures, seeking to assess the main isolated microorganisms and their sensitivity profiles. The data used were obtained from the laboratory system through the EpiCenter→ software, from January 2019 to December 2020. Statistical analysis was performed using the Graphpad 7.0 software. Results: 840 microorganisms were identified from blood cultures, and the main ones were E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, S. epidermidis, S. aureus and S. haemolyticus. Some isolates show a change in the sensitivity profile, such as K. pneumoniae and P. aeruginosa, showing an increase in sensitivity to carbapenems and cephalosporins, while S. epidermidis showed a decrease in sensitivity to minocycline in the comparison between years 2019 and 2020.Conclusion: clinical isolates from blood cultures showed a change in the sensitivity profile between 2019 and 2020, taking into account that, for K. pneumoniae, P. aeruginosa, this change resulted in an increase in sensitivity, with an increase in resistance in S. epidermidis isolates.(AU)

Justificativa e objetivos: bacteremia é definida a partir da presença de bactérias na corrente sanguínea. Sua importância clínica está associada à alta taxa de morbidade e mortalidade no mundo. Nos casos graves, pode culminar em sepse, com constante aumento dos casos no Brasil. Portanto, o presente estudo tem como objetivo avaliar os principais isolados bacterianos em hemoculturas e uma possível alteração nos seus perfis de sensibilidade em um laboratório de análises clínicas de Fortaleza, Ceará. Métodos: foi realizado um estudo epidemiológico, descritivo, retrospectivo, com abordagem quantitativa de hemoculturas positivas, buscando avaliar os principais microrganismos isolados e seus perfis de sensibilidades. Os dados utilizados foram obtidos a partir do sistema laboratorial através do software EpiCenter→, referente ao período de janeiro de 2019 a dezembro de 2020. A análise estatística foi realizada pelo software Graphpad 7.0. Resultados: foram identificados 840 microrganismos a partir das hemoculturas, sendo os principais E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, S. epidermidis, S. aureus e S. haemolyticus. Alguns isolados apresentam uma alteração no perfil de sensibilidade, como K. pneumoniae e P. aeruginosa, apresentando um aumento na sensibilidade frente aos carbapenêmicos e as cefalosporinas, enquanto o S. epidermidis apresentou uma diminuição na sensibilidade frente à minociclina na comparação entre os anos de 2019 e 2020. Conclusão: os isolados clínicos de hemocultura apresentaram uma alteração no perfil de sensibilidade entre 2019 e 2020, levando em consideração que, para K. pneumoniae e P. aeruginosa, essa alteração resultou no aumento na sensibilidade, com aumento na resistência nos isolados de S. epidermidis.(AU)

Justificación y objetivos: la bacteriemia se define por la presencia de bacterias en el torrente sanguíneo. Su importancia clínica está asociada con la alta tasa de morbimortalidad en el mundo. En casos severos, puede culminar en sepsis, con un aumento constante de casos en Brasil. Por tanto, este estudio tiene como objetivo evaluar los principales aislados bacterianos en hemocultivos y un posible cambio en sus perfiles de sensibilidad en un laboratorio de análisis clínicos en Fortaleza, Ceará. Métodos: se realizó un estudio epidemiológico, descriptivo, retrospectivo, con abordaje cuantitativo de hemocultivos positivos, buscando evaluar los principales microorganismos aislados y sus perfiles de sensibilidad. Los datos utilizados se obtuvieron del sistema de laboratorio a través del software EpiCenter→, para el período de enero de 2019 a diciembre de 2020. El análisis estadístico se realizó mediante el software Graphpad 7.0. Resultados: se identificaron 840 microorganismos a partir de hemocultivos, siendo los principales E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, S. epidermidis, S. aureus y S. haemolyticus. Algunos aislados muestran un cambio en el perfil de sensibilidad, como K.pneumoniae y P. aeruginosa, mostrando un aumento en la sensibilidad a los carbapenémicos y cefalosporinas, mientras que S. epidermidis mostró una disminución en la sensibilidad a la minociclina, en la comparación entre los años de 2019 y 2020. Conclusiones: los aislados clínicos de hemocultivos mostraron un cambio en el perfil de sensibilidad entre 2019 y 2020, teniendo en cuenta que para K. pneumoniae, P. aeruginosa, este cambio resultó en un aumento de la sensibilidad, con un aumento de la resistencia en los aislados de S. epidermidis

Prevalência de Enterobacterales isoladas em amostras de hemoculturas de pacientes em um hospital privado de Juiz de Fora-MG

Objetivo: Avaliar a prevalência de Enterobacterales isoladas de amostras de hemoculturas provenientes das Unidades de Terapia Intensiva; Definir o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos das cepas bacterianas de maior prevalência. Métodos: Foram coletados dados de todas as hemoculturas positivas com crescimento de enterobactérias das UTI's Adulto, Neonatal e UC de um hospital privado, em Juiz de Fora, Minas Gerais, Brasil, de janeiro de 2017 a janeiro de 2019. Resultados: Foram encontradas 3.535 amostras de hemoculturas onde 2.464 (69,7%) foram negativas e 1.071 (30,3%) positivas para algum microrganismo. Dessas, 237 (21,3%) eram enterobactérias, com prevalência de Klebsiella pneumoniae (33,3%), Serratia marcescens (21,9%), Escherichia coli (18,1%) e Enterobacter cloacae (9,3%). Dentre essas bactérias, as cefalosporinas foram as drogas menos efetivas e colistina e tigeciclina as que apresentaram maior sensibilidade nas cepas analisadas. Conclusão: o presente estudo alerta para o elevado grau de multirresistência aos antimicrobianos das cepas advindas das UTI's e UC, demonstrando um cenário atual preocupante e a necessidade de desenvolvimento de novas drogas e novas medidas de controle.

Objective: Evaluate the prevalence of Enterobacterales isolated from blood culture samples from the Intensive Care Units; Define the antimicrobial susceptibility profile of the most prevalent bacterial strains. Methods: Were collected on all positive blood cultures with growth of enterobacteria from the Adult, Neonatal and UC ICUs of a private hospital in Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil, from January 2017 to January 2019. Results: 3535 blood culture samples were found where 2464 (69.7%) were negative and 1071 (30.3%) positive for some microorganism. Of these, 237 (21.3%) were enterobacteria, with a prevalence of Klebsiella pneumoniae (33.3%), Serratia marcescens (21.9%), Escherichia coli (18.1%) and Enterobacter cloacae (9.3%). Among these bacteria, cephalosporins were the least effective drugs and colistin and tigecycline were the most sensitive in the strains analyzed. Conclusion: the present study warns of the high degree of multidrug resistance to the antimicrobials of the strains from the ICUs and UC, demonstrating a worrying current scenario and the need to develop new drugs and new control measures.

Prevalência de bastonetes Gram-negativos não fermentadores isolados em amostras de hemoculturas / Prevalence of non-fermenter Gram-negative bacilli isolated in blood culture samples

Objetivos: Avaliar a prevalência de bactérias não fermentadoras em amostras de hemoculturas provenientes das Unidades de Terapia Intensiva (UTI's) adulto e neonatal e da Unidade Coronariana (UC); definir o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos das cepas bacterianas prevalentes. Métodos: Foram coletados dados de todas as hemoculturas positivas das UTIs Adulto, Neonatal e UC de um hospital privado, em Juiz de Fora, Minas Gerais, Brasil, de janeiro de 2017 a janeiro de 2019. Resultados: Foram analisados 3.535 resultados de amostras de hemoculturas onde 2.464 (69,7%) foram negativas e 1.071 (30,3%) positivas para algum microrganismo. Dentre as amostras positivas foram encontrados 77 bastonetes Gram-negativos não fermentadores (6,9%), com a prevalência de Acinetobacter baumannii (51,9%) seguido de Pseudomonas aeruginosa (32,5%). As cepas de A. baumannii foram resistentes aos carbapenêmicos e às quinolonas. Quanto às cepas de P. aeruginosa, as drogas testadas que apresentaram maior resistência foram a ampicilina, ampicilina com tazobactam, as cefalosporinas de segunda e terceira geração, exceto ceftazidima; e a tigeciclina. As drogas que apresentaram boa atividade na inibição do crescimento das cepas analisadas foram tigeciclina para A. baumannii e colistina para ambas as cepas. Conclusão: o presente estudo alerta para a resistência a múltiplas classes de antimicrobianos das cepas advindas das UTIs e UC, demonstrando um cenário preocupante e a necessidade de desenvolvimento de novas drogas e novas medidas de controle.

Objectives: To evaluate the prevalence of non-fermenting bacteria in blood culture samples from the adult and neonatal intensive care units (ICUs) and the Coronary Care Unit (UC); define the antimicrobial susceptibility profile of prevalent bacterial strains. Methods: Data were collected on all positive blood cultures from the Adult, Neonatal and UC ICUs of a private hospital in Juiz de Fora, Minas Gerais, Brazil, from January 2017 to January 2019. Results: 3535 results of blood culture samples were analyzed, where 2464 (69.7%) were negative and 1071 (30.3%) positive for some microorganism. Among the positive samples, 77 non-fermenting Gram negative rods (6.9%) were found, with the prevalence of Acinetobacter baumannii (51.9%) followed by Pseudomonas aeruginosa (32.5%). A. baumannii strains were resistant to carbapenems and quinolones. As for strains of P. aeruginosa, the drugs tested that showed greater resistance were ampicillin, ampicillin with tazobactam, second and third generation of cephalosporins, except ceftazidime; and tigecycline. The drugs that showed good activity in inhibiting the growth of the strains analyzed were tigecycline for A. baumannii and colistin for both strains. Conclusion: the present study warns of resistance to multiple classes of antimicrobial strains from the ICUs and UC, demonstrating a worrying scenario and the need to develop new drugs and new control measures.

Identification and characterization of bacterial biofilm production in clinical isolates of Staphylococcus spp. against antimicrobials / Identificação e caracterização da produção de biofilme bacteriano em isolados clínicos de Staphylococcus spp. frente aos antimicrobianos / Identificación y caracterización de la producción de biopelículas bacterianas en aislamientos clínicos de Staphylococcus spp. contra los antimicrobianos

Justification and Objectives: Circulating blood is sterile and the presence of microorganisms can be of clinical interest, especially in the hospital environment, being able to cause infectious processes and substantially increase morbidity and mortality. The objective of this work was to characterize the isolates of the genus Staphylococcus spp. from bloodstream infections as to the production of bacterial biofilm and resistance to the main antimicrobials used in clinical practice. Methods: Blood cultures were collected with an indication of positivity for bacterial growth from multiple sectors of the study hospital, which were subsequently processed to identify the bacterial genus through the use of phenotypic tests for Gram positive bacteria. The verification of the resistance profile was performed following the Kirby-Bauer disk diffusion. The identification of the production and quantification of the bacterial biofilm occurred following the protocol described by O'toole (2010). Results: The most frequent clinical isolate was Coagulase negative Staphylococci 38 (54.29%), followed by Staphylococcus aureus 32 (45.71%). Resistance to erythromycin, norfloxacin, levofloxacin and azithromycin was observed in most isolates (70%). Regarding methicillin, more MRSA (59.38%) than MR-CONS (47.37%) were isolated. The ICU was the place where the formation of the biofilm showed indicative data of greater adherence, which was associated with MRSA strains. Conclusion: The bacterial isolates associated with bloodstream infections showed high resistance to antimicrobials. The presence of MRSA and MR-CONS with strong and/or moderate biofilm production capacity represents a greater risk to the health of patients affected by infections caused by these agents.(AU)

Justificativa e Objetivos: O sangue circulante é estéril e a presença de microrganismos pode ter interesse clínico, especialmente no ambiente hospitalar, sendo capaz de causar processos infecciosos e aumentar substancialmente a morbimortalidade. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os isolados do gênero Staphylococcus spp. oriundos de infecções de corrente sanguínea quanto à produção de biofilme bacteriano e resistência aos principais antimicrobianos utilizados na prática clínica. Métodos: Foram coletadas hemoculturas com indicação de positividade para o crescimento bacteriano de múltiplos setores do hospital de estudo, as quais posteriormente foram processadas para identificação do gênero bacteriano através da utilização de testes fenotípicos para bactérias Gram positivas. A verificação do perfil de resistência foi realizada seguindo a metodologia de disco difusão de Kirby-Bauer. A identificação da produção e quantificação do biofilme bacteriano ocorreu seguindo o protocolo descrito por O'toole (2010). Resultados: O isolado clínico mais frequente foi o Staphylococcus coagulase negativo 38 (54,29%), seguido pelo Staphylococcus aureus 32 (45,71%). A resistência à eritromicina, norfloxacina, levofloxacina e azitromicina foi observada na maioria dos isolados (70%). Em relação à meticilina, foram isolados mais Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) (59,38%) que Staphylococcus coagulase negativa resistente à meticilina (MR-CONS) (47,37%). A UTI foi o local onde a formação do biofilme apresentou dados indicativos de maior aderência, sendo essa associada às cepas MRSA. Conclusão: Os isolados bacterianos associados às infecções da corrente sanguínea apresentaram elevada resistência aos antimicrobianos. A presença de MRSA e MR-CONS com forte e/ou moderada capacidade de produção de biofilme representa maior risco à saúde dos pacientes acometidos por infecções causadas por estes agentes.(AU)

Justificación y objetivos: la sangre circulante es estéril y la presencia de microorganismos puede ser de interés clínico, especialmente en el entorno hospitalario, ya que puede causar procesos infecciosos y aumentar sustancialmente la morbilidad y la mortalidad. El objetivo de este trabajo fue caracterizar los aislamientos del género Staphylococcus spp. de infecciones del torrente sanguíneo en cuanto a la producción de biopelículas bacterianas y la resistencia a los principales antimicrobianos utilizados en la práctica clínica. Métodos: Se recogieron hemocultivos con una indicación de positividad para el crecimiento bacteriano de múltiples sectores del hospital de estudio, que posteriormente se procesaron para identificar el género bacteriano mediante el uso de pruebas fenotípicas para bacterias Gram positivas. La verificación del perfil de resistencia se realizó siguiendo la metodología de difusión de disco de Kirby-Bauer. La identificación de la producción y cuantificación de la biopelícula bacteriana se produjo siguiendo el protocolo descrito por O'toole (2010). Resultados: El aislado clínico más frecuente fue Staphylococcus coagulasa negativo 38 (54.29%), seguido de Staphylococcus aureus 32 (45.71%). Se observó resistencia a la eritromicina, norfloxacina, levofloxacina y azitromicina en la mayoría de los aislamientos (70%). Con respecto a la meticilina, se aislaron más MRSA (59,38%) que MR-CONS (47,37%). La UCI fue el lugar donde la formación de la biopelícula mostró datos indicativos de una mayor adherencia, que se asoció con las cepas de MRSA. Conclusión: los aislamientos bacterianos asociados con infecciones del torrente sanguíneo mostraron una alta resistencia a los antimicrobianos. La presencia de MRSA y MR-CONS con una capacidad de producción de biopelículas fuerte y / o moderada representa un mayor riesgo para la salud de los pacientes afectados por infecciones causadas por estos agentes.(AU)

Prevalência e perfil de resistência de bactérias isoladas de hemoculturas de pacientes atendidos em um hospital de referência cardiológica de Pernambuco / Prevalence and resistance profile of bacteria isolated from blood cultures of patients attended in a cardiological reference hospital in Pernambuco

Objetivo: A sepse está envolvida com as principais causas de morbidade e mortalidade em pacientes internados em unidades hospitalares. Esses pacientes são vulneráveis a esse tipo de infecção devido a vários fatores como tempo de internamento, procedimentos invasivos, infecções recorrentes e terapias prolongadas por uso de antibióticos. Portanto, este estudo teve como objetivo identificar o perfil microbiológico e de resistência nas hemoculturas positivas de pacientes internados no Pronto-Socorro Cardiológico de Pernambuco (Procape) no ano de 2017. Métodos: Foram analisadas hemoculturas do período de janeiro a dezembro de 2017. As amostras de hemoculturas foram processadas no equipamento de automação BACT/ALERT® 3D sistemas de detecção microbiana e depois identificada pelo Vitek 2 compact da Biomerieux®. Resultados: Do total de 3.323 amostras de hemoculturas enviadas ao Laboratório do Hospital, foi verificada a prevalência de positividade de 120 (3,62%), das quais houve a prevalência de K. pneumoniae 18 (15%), seguido de S. haemolyticus 17 (14,16%), logo após, S. epidermidis 16 (13,33%). Várias bactérias apresentaram perfil de multirresistência como E. cloacae, A. baumannii, K. pneumoniae, P. aeruginosa, S. aureus e Staphylococcus coagulase negativa. Conclusão: Os resultados demonstraram a presença de bactérias resistentes e multirresistentes, com diferentes perfis de resistência. É importante conhecer o perfil de resistência bacteriano, visando o tratamento adequado de pacientes com quadro de sepse, prevenindo infecções hospitalares.

Objective: Sepsis is involved with the main causes of morbidity and mortality in hospitalized patients. These patients are vulnerable to this type of infection due to various factors such as length of stay, invasive procedures, recurrent infections, and antibiotic therapy prolonged. Therefore, this study aimed to identify the microbiological and resistance profile in positive blood cultures of patients admitted to the Cardiac Emergency of Pernambuco (Procape) in 2017. Methods: Blood cultures from January to December 2017 were analyzed. Blood cultures were processed on BactT/Alert® 3D automation equipment, microbial detection systems and then identified by Biomerieux® Vitek 2 compact. Results: From a total of 3,323 blood culture samples sent to the Hospital Laboratory, the prevalence of positivity of 120 (3.62%) samples was verified, of which there was the prevalence of K. pneumoniae 18 (15%), followed for S. haemolyticus 17 (14.16%), shortly after, S. epidermidis 16 (13.33%). Several bacteria showed multiresistance profile such as E. cloacae, A. baumannii, K. pneumoniae, P. aeruginosa, S. aureus and coagulase negative Staphylococcus. Conclusion: Results demonstrated the presence of resistant and multiresistant bacteria, with different resistance profiles. It is important to know bacterial resistance profile, aiming at the adequate treatment of patients with sepsis, preventing hospital infections.

Perfil epidemiológico de Staphylococcus spp. isolados de hemoculturas de pacientes internados em um hospital de atenção terciária da rede pública do Ceará / Epidemiological profile of Staphylococcus spp. isolated from hemocultures of interned patients in a tertiary attention hospital of the Ceará public network

Staphylococcus spp. vem ganhando destaque em infecções na corrente sanguínea (ICS), apresentando alta prevalência, multirresistência e considerável poder de letalidade. O presente estudo teve como objetivo analisar a prevalência e traçar o perfil de sensibilidade das espécies de Staphylococcus spp. isoladas de amostras de hemoculturas positivas obtidas de um hospital de atenção terciária da rede pública do Ceará, no período de janeiro de 2015 a dezembro de 2018. Dos 3292 exames de hemocultura realizados, apenas 15,88% tiveram resultado positivo, dos quais 24,85% eram cocos Gram positivos. S. aureus representou 1,53% das hemoculturas positivas com 50% das cepas resistentes à oxacilina. Os isolados de Staphylococcus sp. coagulase negativo obtiveram prevalência de 10,89%, representados por: S. epidermidis (n=23), S. haemolyticus (n=17), S. hominis (n=13), S. saprophyticus (n=2) e S. warneri (n=2). Verificou-se multirresistência em diversos isolados analisados, apresentando variações intra e interespécies. Portanto, nossos achados melhoram o entendimento da epidemiologia das ICS causadas por Staphylococcus spp., na instituição de estudo, bem como seu perfil de sensibilidade. A identificação precoce do agente infeccioso auxilia na escolha adequada do tratamento, aumentando as chances de cura e reduzindo o tempo de internação do paciente. (AU)

Staphylococcus spp. has been highlighted among bloodstream infections (BI), presenting high prevalence, multidrug resistance and considerable lethality. The present study aimed to analyze the prevalence and the susceptibility profile of Staphylococcus spp. isolated from positive blood cultures from a tertiary care public hospital of Ceará, from January 2015 to December 2018. Of the 3292 blood cultures performed during this period, only 15.88% were positive, of which 24.85% were Gram positive cocci. S. aureus represented 1.53% of positive blood cultures, of which 50% were oxacilin resistant. Isolates of coagulase-negative Staphylococcus spp. showed a prevalence of 10.89%, represented by: S. epidermidis (n = 23), S. haemolyticus (n = 17), S. hominis (n = 13), S. saprophyticus (n = 2) and S. warneri (n = 2). Multiresistance occurrence was verified in several of the analyzed isolates, presenting intra and inters species variations. Therefore, our findings improve the understanding of the epidemiology of BI caused by Staphylococcus spp. in the studied institution, as well as its susceptibility profile. Early identification of the infectious agent might aid in the appropriate choice of treatment, increasing the chance of cure and reducing the patient length stay in hospital. (AU)

Demanda de culturas microbiológicas e prevalência de microrganismos em um hospital universitário de Pernambuco / Demand for microbiological cultures and prevalence of microorganisms in a university hospital of Pernambuco / Demanda de culturas microbiológicas y prevalencia de microrganismos en un hospital universitario de Pernambuco

Objetivo: verificar a demanda de hemoculturas, aspirados traqueais e uroculturas realizadas no HU-UNIVASF/ EBSERH e a prevalência dos microrganismos identificados no período de janeiro a junho de 2016. Métodos: estudo retrospectivo documental com abordagem quantitativa. Resultados: o setor de microbiologia realizou 488 hemoculturas, 427 uroculturas e 197 aspirados traqueais. A positividade de hemoculturas mostrou-se entre 10,9 à 25,7%, e o percentual de contaminações variou de 6,8 à 14,0%. Os microrganismos mais prevalência nas hemoculturas foram Staphylococcus epidermidis (23,7%), Staphylococcus aureus (19,3%) e Klebisiella pneumoniae (9,6%). Nas uroculturas foram Klebisiella pneumoniae (23,1%), Candida sp. (13,5%) e Escherichia coli (12,5%). Nos aspirados traqueais foram Acinetobacter baumannii (29,2%), Pseudomonas aeruginosa (26,6%) e Staphylococcus aureus (16,2%). Conclusão: a cultura mais solicitada foi hemocultura. A bactéria mais prevalente nas hemoculturas foi Staphylococcus epidermidis, nos aspirados traqueais Acinetobacter baumannii e nas uroculturas Klebisiella pneumoniae

Objective: the study's purpose has been to verify the demand for blood cultures, tracheal aspirates and urine cultures performed at a University Hospital from the Universidade Federal do Vale do São Francisco (HU-UNIVASF/EBSERH), as well as the predominance of microorganisms identified over the period from January to June 2016. Methods: it is a retrospective documentary study with a quantitative approach. Results: the microbiology sector carried out 488 blood cultures, 427 urine cultures and 197 tracheal aspirates. The positivity of blood cultures was between 10.9 and 25.7%, and the percentage of contaminations ranged from 6.8 to 14.0%. The most prevalent microorganisms in blood cultures were Staphylococcus epidermidis (23.7%), Staphylococcus aureus (19.3%) and Klebsiella pneumoniae (9.6%). In urine cultures were Klebsiella pneumoniae (23.1%), Candida sp. (13.5%) and Escherichia coli (12.5%). In tracheal aspirates were Acinetobacter baumannii (29.2%), Pseudomonas aeruginosa (26.6%) and Staphylococcus aureus (16.2%). Conclusion: the most requested culture was blood culture. The most prevalent bacterium in blood cultures was Staphylococcus epidermidis, in tracheal aspirates was Acinetobacter baumannii, and in urine cultures was Klebsiella pneumoniae

Objetivo: el propósito del trabajo es verificar la demanda de hemocultivos, aspirados traqueales y urocultivos realizados en el Hospital Universitário de la Universidade Federal do Vale do São Francisco (HU-UNIVASF/ EBSERH) y la prevalencia de los microorganismos identificados en el período de enero a junio de 2016. Métodos: este trabajo es un estudio retrospectivo documental con abordaje cuantitativo. Resultados: el sector de microbiología realizó 488 hemocultivos, 427 urocultivos y 197 aspirados traqueales. La positividad de hemocultivos se mostró entre el 10,9 al 25,7%, y el porcentaje de contaminaciones varía de 6,8 a 14,0%. Los microorganismos más prevalentes en los hemocultivos fueron Staphylococcus epidermidis (23,7%), Staphylococcus aureus (19,3%) y Klebsiella pneumoniae (9,6%). En los urocultivos fueron Klebisiella pneumoniae (23,1%), Candida sp. (13,5%) y Escherichia coli (12,5%). En los aspirados traqueales fueron Acinetobacter baumannii (29,2%), Pseudomonas aeruginosa (26,6%) y Staphylococcus aureus (16,2%). Conclusión: la cultura más solicitada fue hemocultivo. La bacteria más prevalente en los hemocultivos fue Staphylococcus epidermidis, en los aspirados traqueales, Acinetobacter baumannii y en los urocultivos, Klebisiella pneumoniae

Clinical and microbiological characteristics of dogs in sepsis in an academic veterinary hospital in the north of Paraná / Características clínicas e microbiológicas de cães em sepse de um hospital veterinário escola do norte do Paraná

Sepsis is a life-threatening organ dysfunction caused by a patient's unregulated response to an infectious process. In veterinary medicine, the exact incidence of sepsis is unknown. Early recognition of sepsis in critically ill patients is essential for rapid and effective therapeutic intervention. The present study aimed to apply the criteria of an adapted sepsis assessment protocol based on the Second International Consensus Definition for Sepsis and Septic Shock or Sepsis-2 of human medicine, in canine patients with suspected systemic inflammatory response syndrome (SIRS) and/or organ dysfunction, and to identify infectious agents as well as their antimicrobial resistance profile in the focus of infection, in the bloodstream and colonizing the rectal mucosa. Patients were evaluated for survival and severity of sepsis. Of the 37/42 dogs that met the sepsis criteria, six presented septic shock, 26 (70.2%) had at least two signs of SIRS, and sepsis with organ dysfunction was diagnosed in 27 (73%) dogs. The primary dysfunctions observed were decreased level of consciousness in 21/37 (56.8%), hyperlactatemia in 19/37 (51.4%), and hypoalbuminemia in 18/37 (48.6%). Two or more SIRS signs associated with hypotension and hypoalbuminemia were related to more than half of the deaths. The most frequent infectious focus was skin and soft tissue in 20/37 (54%), followed by organs and cavities in 8/37 (21.6%). The survival rate was 56.7%. Blood culture confirmed bacteremia in nine patients (24.3%), with a predominance of Gram-positive microorganisms (Staphylococcus intermedius, Streptococcus spp.) in 66.6% of dogs and one yeast (Candida glabrata). The most frequent bacteria in the focus of infection were gram-negative bacteria (46.2%), mainly Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and Pseudomonas aeruginosa, in 19.5%, 14.6%, and 12.1%, respectively. We observed colonization by gram-negative bacteria such as E. coli-ESBL (31.5%), K. pneumoniae-ESBL (15.7%), and P. aeruginosa (15.7%), and the presence of ESBL bacteria was more associated with death when compared with other microorganisms. Vancomycin-resistant Enterococcus (VRE) were isolated from rectal mucosa in four dogs. Gram-negative microorganisms were the most frequent in both infections and colonization, and most of them were resistant to fluoroquinolones, sulfonamides, tetracyclines, and cephalosporins. Based on this information, it can be concluded that mortality due to sepsis in dogs was high. Due to the presence of multi-resistant bacteria, the use of antimicrobials should be judicious, suggesting the implementation of the same precautions used in human hospitals to prevent the spread of multi-resistant microorganisms.(AU)

A sepse é uma disfunção orgânica ameaçadora à vida, causada por uma resposta desregulada do hospedeiro à infecção e na medicina veterinária sua incidência exata é desconhecida. O reconhecimento precoce da sepse nos pacientes críticos é essencial para que a intervenção terapêutica seja rápida e eficaz. Assim, os objetivos do presente estudo foram aplicar os critérios de um protocolo de avaliação da sepse adaptado com base no Segundo Consenso Internacional para Sepse e Choque Séptico, ou Sepse-2, da medicina humana, em pacientes caninos com suspeita de infecção e/ou Síndrome da Resposta Inflamatória Sistêmica e/ou disfunção orgânica e identificar os agentes infecciosos bem como seu perfil de resistência a antimicrobianos no foco de infecção, na corrente sanguínea e colonizando a mucosa retal. Os pacientes foram avaliados quanto à sobrevivência e severidade da sepse. Dos 37/42 cães que se enquadraram nos critérios de sepse, seis estavam em choque séptico, 26 (70,2%) apresentaram pelo menos dois sinais de SIRS, e a sepse com disfunção orgânica foi diagnosticada em 27 (73%) cães. As principais disfunções verificadas foram diminuição do nível de consciência em 21/37 (56,8%), hiperlactatemia em 19/37 (51,4%) e hipoalbuminemia em 18/37 (48,6%). A presença de dois ou mais sinais de SIRS associados com hipotensão e hipoalbuminemia estiveram relacionadas com mais da metade dos óbitos. O foco infeccioso mais frequente foi pele e partes moles em 20/37 (54%) seguido por órgãos e cavidades em 8/37 (21,6%). A taxa de sobrevivência foi de 56,7%. Na hemocultura confirmou-se bacteremia em nove pacientes (24,3%), com predominância de microrganismos gram-positivos (Staphylococcus intermedius, Streptococcus spp.) em 66,6% dos cães e uma levedura (Candida glabrata). As bactérias mais frequentes no foco de infecção foram as gram-negativas (46,2%) principalmente Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Pseudomonas aeruginosa, em 19,5%, 14,6% e 12,1% respectivamente. Foi constatada colonização por bactérias gram-negativas como E. coli-ESBL (31,5%), K. pneumoniae-ESBL (15,7%) e P. aeruginosa (15,7%), sendo que a colonização de cães por bactérias ESBL foi associada ao óbito quando comparada com outros microrganismos. Foram também isolados da mucosa retal Enterococcus resistentes à vancomicina (VRE) em quatro cães. Os microrganismos gram-negativos foram os mais frequentes, tanto nas infecções quanto nas colonizações e a maioria apresentava resistência à fluorquinolonas, sulfonamidas, tetraciclinas e cefalosporinas. Com base nestas informações, conclui-se que a mortalidade em decorrência da sepse em cães foi alta, e devido à presença de bactérias multirresistentes, o uso de antimicrobianos deve ser criterioso, sugerindo-se ainda a implantação das mesmas precauções utilizadas em hospitais humanos para evitar disseminação de microrganismos multirresistentes.(AU)

Correlation between findings in magnetic resonance and biopsy in the diagnosis of spondylodiscitis / Correlação entre achados na ressonância magnética e a biópsia no diagnóstico de espondilodiscite / Correlación entre hallazgos en la resonancia magnética y la biopsia en el diagnóstico de espondilodiscitis

ABSTRACT Objective To correlate magnetic resonance imaging (MRI) findings with the microbiological and anatomopathological diagnosis of spinal infection. Methods A retrospective, cohort review of online medical records (laboratory, anatomopathology and diagnostic imaging sector) of patients diagnosed with spondylodiscitis, who underwent a full spine MR scan between January 2014 and July 2018 at the Department of Orthopedics and Traumatology of the Universidade Federal de São Paulo. Results Staphylococcus aureus was the most commonly found etiological agent (57%). Blood culture was positive in 76% of cases and 82% of the patients who underwent biopsy had a spondylodiscitis diagnosis. Pain was the most prevalent clinical symptom and the lumbosacral spine was the most frequent site of infection. T1 hyposignal, T2/STIR hypersignal, and terminal plate destruction were verified in almost all MR scans. Conclusions No direct correlation was found between MR findings and any specific etiological agent. Blood culture and biopsy are important diagnostic tools that should be used for accurate diagnosis of the infectious agent . Level of evidence IV; Diagnostic Study.

RESUMO Objetivo Correlacionar os achados de ressonância magnética (RNM) com o diagnóstico microbiológico e anatomopatológico de infecção na coluna vertebral. Métodos Estudo de coorte retrospectivo de revisão de prontuários online (laboratório, anatomopatológico e setor de diagnóstico por imagem) de pacientes com diagnóstico de espondilodiscite, submetidos ao exame de RNM da coluna vertebral e acompanhados pelo Departamento de Ortopedia e Traumatologia da Universidade Federal de São Paulo, entre janeiro de 2014 e julho de 2018. Resultados O agente etiológico mais comum encontrado foi o S. aureus (57%). A hemocultura mostrou-se positiva em 76% dos casos e 82% dos pacientes submetidos à biópsia apresentaram diagnóstico de espondilodiscite. A dor foi o achado clínico mais prevalente e a coluna lombossacra foi o sítio mais frequente de infecção. No exame de RNM, a presença de hipossinal em T1, hipersinal em T2/STIR e destruição das placas terminais foram identificados em quase todos os casos. Conclusões Não houve correlação direta dos achados na RNM com um agente etiológico específico na espondilodiscite. A hemocultura e a biópsia são ferramentas diagnósticas importantes que devem ser utilizadas para o diagnóstico preciso do agente infeccioso. Nível de evidência IV; Estudo diagnóstico.

RESUMEN Objetivo Correlacionar los hallazgos de resonancia magnética (RNM) con el diagnóstico microbiológico y anatomopatológico de infección de la columna vertebral. Métodos Un estudio de cohorte retrospectivo de revisión de prontuarios en línea (laboratorio, anatomopatológico y sector de diagnóstico por imagen) de pacientes con diagnóstico de espondilodiscitis, sometidos al examen de RNM de la columna vertebral y acompañados por el Departamento de Ortopedia y Traumatología de la Universidad Federal de São Paulo, entre enero de 2014 y julio de 2018. Resultados El agente etiológico más común encontrado fue el S. aureus (57%). El hemocultivo se mostró positivo en 76% de los casos y 82% de los pacientes sometidos a biopsia presentaron diagnóstico de espondilodiscitis. El dolor fue el hallazgo clínico más prevalente y la columna lumbosacra fue el sitio más frecuente de infección. En el examen de RNM, la presencia de hiposeñal en T1, hiperseñal en T2/STIR y destrucción de las placas terminales fueron identificadas en casi todos los casos. Conclusiones No hubo correlación directa de los hallazgos de la RNM con un agente etiológico específico en la espondilodiscitis. El hemocultivo y la biopsia son herramientas diagnósticas importantes, que deben ser utilizadas para el diagnóstico preciso del agente infeccioso. Nivel de evidencia IV; Estudio Diagnóstico.

Método fenotípico automatizado versus método manual na identificação de microorganismos isolados de hemoculturas: desfechos clínicos e microbiológicos / Automated phenotypic method versus manual method in the identification of microorganisms isolated from blood cultures: clinical and microbiological outcomes

INTRODUÇÃO: A automação laboratorial é cada vez mais utilizada em microbiologia, no entanto, poucos estudos avaliam desfechos clínicos em comparação aos métodos tradicionais. No Brasil, nenhum estudo com esse objetivo foi detectado. OBJETIVO: Analisar os impactos clínicos e microbiológicos após implantação de método fenotípico automatizado em um serviço de microbiologia. MÉTODOS: Realizamos estudo observacional e retrospectivo no laboratório de microbiologia referente a exame de hemocultura de pacientes da Unidade de Terapia Intensiva (UTI). Os dados foram coletados de pacientes internados entre janeiro/2014 a dezembro/2015. Analisou-se o tempo de internação, número de terapias empíricas, óbitos e dados relacionados ao isolamento microbiológico. A amostra foi obtida por conveniência. Para a comparação entre os desfechos foram empregados os testes t de Student e Qui-quadrado de Pearson. O programa empregado foi o Stata release, versão 11, sendo considerados significativos valores de p<0,05. RESULTADOS: Foram avaliados 472 pacientes. Não houve redução na prescrição empírica de antimicrobianos (54,7% vs 45,3%; p=0,33), tempo de internação na UTI (14,5 dias vs 15,8 dias p=0,78) e na taxa de óbitos (54,4% vs 45,6%; p=0,36). Similarmente, o perfil de agentes isolados em ambos os métodos não parece ser discrepante, no entanto, houve um aumento de 44,7% no número de isolados microbianos (76 vs 110) com melhor caracterização dos mesmos. CONCLUSÃO: A automação do laboratório de microbiologia não impactou no tempo de internação, mortalidade na UTI e no número de terapias empíricas. No entanto, a identificação e o isolamento de microrganismos melhoraram.

INTRODUCTION: Automation is increasingly used in microbiology laboratory, however, few studies assessed clinical outcomes compared to traditional methods. In Brazil, no studies with this objective were detected. OBJECTIVE: To analyze the clinical and microbiological impacts after implantation of an automated phenotypic method in a microbiology service. METHODS: Observational and retrospective study carried out on the microbiology laboratory involving blood culture test from intensive care unit (ICU) patients. Data were collected from hospitalized patients between January 2014 and December 2015. The length of hospitalization, number of empirical therapies, deaths and information related to microbiological isolation were analyzed. The sample was obtained by convenience. Pearson's Chisquare and Student's t-tests were used to compare outcomes. The program used was the Stata release, version 11, being considered significant values of p<0.05. RESULTS: A total of 472 patients were evaluated. There was no reduction in the empirical prescription of antimicrobials (54.7% vs 45.3%; p=0.33), ICU stay (14.5 days vs 15.8 days; p=0.78) and mortality (54.4% vs 45.6%; p=0.36). Similarly, profile of isolated agents in both methods did not appear to be discrepant, however, there was an increase of 44.7% in the number of microbial isolates (76 vs 110) and a better characterization of them. CONCLUSION: The microbiology laboratory automation did not modify the length of stay, ICU mortality and the number of empirical therapies. However, identification and isolation of microorganisms was improved.

Compêndio de métodos e de boas práticas em coleção de cultura de leveduras do Instituto de Biologia do Exército / Compendium of methods and good practices in yeast culture collection of the Brazilian Army Biology Institute

Objetivo: O Compêndio de Métodos e de Boas Práticas em Coleção de Cultura de Leveduras do Instituto de Biologia do Exército (IBEx) foi elaborado com o propósito de operacionalizar as atividades de pesquisa, garantindo o desempenho seguro e confiável dos seus objetivos regimentais. Métodos: A Coleção de Cultura de Leveduras do IBEx foi criada a partir de cepas isoladas de quadros de candidíase sistêmica, através da utilização de metodologias manuais e automatizadas para autenticação das mesmas, com o propósito de garantir a pesquisa científica e atividades de ensino. Resultados: O Instituto adequou e modernizou seus laboratórios de pesquisa criando o Centro de Estudos em Biodefesa, com Nível de Biossegurança NB-3. Com base na necessidade de organização para atender às demandas da defesa biológica, o IBEx vem aprimorando sua estrutura para dominar e garantir novas tecnologias de identificação e manejo dos microrganismos envolvidos em Bioterrorismo. Conclusão: A compilação de metodologias na forma de um Compêndio proporcionou a operacionalização da Coleção de Cultura do IBEx.

Objective: The Compendium of Methods and Good Practices in Yeast Culture Collection of the Brazilian Army Biology Institute (IBEx) was elaborated with the purpose of operationalizing the research activities, guaranteeing the safe and reliable performance of its regimental objectives. Methods: The IBEx Yeast Culture Collection was created from isolated strains of systemic candidiasis, through the use of manual and automated methodologies to authenticate them, in order to guarantee scientific research and teaching activities. Results: The Institute adapted and modernized its research laboratories by creating the Center for Biodefense Studies, with Biosafety Level NB-3. Based on the need for organization to meet the demands of biological defense, the IBEx has been improving its structure to dominate and guarantee new technologies of identification and management of the microorganisms involved in Bioterrorism. Conclusion: The compilation of methodologies in the form of a Compendium provided the operationalization of the IBEx Culture Collection

Etiologia e perfil de susceptibilidade dos microrganismos isolados de hemoculturas no Hospital das Clínicas da UFPE noperíodo de janeiro a dezembro de 2014 / Etiology and resistance profile of microorganisms isolated from blood cultures at the University Hospital of UFPE in the period from january to december 2014

Objetivo: O presente trabalho tem como objetivo o estudo sobre a prevalência de hemoculturas positivas originadas de pacientes do Hospital das Clínicas da UFPE e determinar a etiologia dos principais microrganismos presentes nessas culturas, como também analisar o perfil de susceptibilidade dos principais antibióticos. Métodos: Durante o período de janeiro a dezembro de 2014 foram analisadas 943 amostras de hemoculturas, das quais 46,40% foram do sexo masculino, 35,92% do sexo feminino e 17,68% de recém-nascidos. As culturas foram condicionadas às técnicas de reisolamentos, testes bioquímicos e submetidas à análise através do equipamento Phoenix 100 da BD para identificação da bactéria isolada e liberação do antibiograma. Resultados: Das 943 amostras de hemoculturas analisadas, 19,61% apresentaram positividade. O Staphylococcus aureus foi o microrganismo de maior prevalência (21,62%). É importante ressaltar a presença de culturas mistas (3,24%) e de Candida sp (2,70%), destacando-se a Candida tropicalis. Com relação aos antibióticos usados contra microrganismos Gram-positivos, a penicilina G expressou maior percentual de resistência (95%), e em relação aos Gram-negativos o que expressou maior resistência foi quinupristina/dalfopristina (100%). Conclusão: Esse trabalho visa contribuir para o conhecimento dos microrganismos mais comumente isolados na Instituição em estudo e do seu perfil de resistência, provendo dados essenciais para o estabelecimento de estratégias para o uso racional de antimicrobianos.

Objective: The present work has as objective the study on the prevalenceof positive blood cultures originating from patients of Hospital das Clínicas of UFPE and determine the etiology of the main microorganisms present in these samples, as well as analyze the profile of susceptibility of the major antibiotics. Methods: During the period from January to December 2014 were analyzed 943 samples of blood cultures, among them, 46.40% were male, 35.92% female and 17.68% of newborns. The cultures were conditioned to the techniques of reisolation, biochemical tests and subjected to analysis through the Phoenix 100 BD equipment for identification of bacteria isolated and culture release. Results: Of the 943 blood samples analyzed, 19.61% showed positivity. Staphylococcus aureus was the most prevalent microorganism (21.62%). It's important to note the presence of mixed cultures (3.24%) and Candida sp. (2.70%), wich highlighted the Candida tropicalis. With regard to antibiotics used against Gram-positive microorganisms, the penicillin G expressed a higher percentage of resistance (95%) and in relation to Gram-negative, which expressed more resistance was quinupristin/dalfopristin (100%). Conclusion: This work aims to contribute to the knowledge of the microorganisms most commonly isolated in the institution under study and its resistance profile, providing essential data for the establishment of strategies for the rational use of antimicrobials.

Sepse neonatal - perfil microbiológico e sensibilidadeantimicrobiana em um hospital no Nordeste do Brasil / Neonatal sepsis - microbiological profile and antimicrobial sensitivity in a hospital in the Northeast of Brazil

Objetivo: Determinar a prevalência de microrganismos e o perfil de sensibilidade antimicrobiana em hemoculturas positivas de pacientes com infecção de corrente sanguínea na Unidade de Terapia Intensiva neonatal de um hospital no Nordeste brasileiro. Métodos: Estudo transversal, retrospectivo, com descrição quantitativa dos resultados de hemoculturas de neonatos admitidos na unidade terapia intensiva neonatal de um hospital do Nordeste brasileiro. Resultados: A sepse neonatal teve como principal etiologia bactérias Gram-positivas, responsáveis por 73,1% das culturas positivas, sendo o Staphylococcus Coagulase-negativa o principal agente, enquanto que 21,5% se deram por um agente Gram-negativo. As bactérias Gram-positivas apresentaram boa sensibilidade ao linezolida e à vancomicina e a maioria das Gram-negativas foi sensível a colistina, meropenem e imipenem. Todos os isolados de Staphylococcus coagulase negativa foram sensíveis ao linezolida, à vancomicina e à tigeciclina. Conclusão: O conhecimento das características relacionadas à sensibilidade e resistência antimicrobiana é fundamental para uma melhor abordagem ao paciente com sepse neonatal, promovendo um manejo mais direcionado que possibilita uma recuperação mais rápida do recém-nascido. O conhecimento adquirido com esse estudo possibilitará um tratamento mais eficiente em cada caso, com base no quadro apresentado pelo paciente e as características do agente causador.

Objective: To determine the prevalence of microorganisms and the antimicrobial sensitivity profile in positive blood cultures of patients with bloodstream infection in the neonatal Intensive Care Unit of a hospital in the Brazilian Northeast. Methods: Cross-sectional, retrospective study with quantitative description of hemoculture results of neonates admitted to the neonatal intensive care unit of a Brazilian Northeast hospital. Results: Neonatal sepsis had as its main etiology Gram-positive bacteria responsible for 73.1% of the positive cultures, with coagulase-negative Staphylococcus being the main agent, while 21.5% were due to a Gramnegative agent. Gram-positive bacteria showed good sensitivity to linezolid and vancomycin and most Gram-negative strains were susceptible to colistin, meropenem and imipenem. All coagulase-negative Staphylococcus isolates were sensitive to linezolid, vancomycin and tigecycline. Conclusion: Knowledge of the characteristics related toantimicrobial susceptibility and resistance is fundamental for a better approach to the patient with neonatal sepsis, promoting a more targeted management that allows a faster recovery of the newborn. The knowledge gained from this study will allow a more efficient treatment in each case, based on the patient's presentation and the characteristics of the causative agent

Assessment of clinical and epidemiological characteristics of patients with and without sepsis in intensive care units of a tertiary hospital / Avaliação das características clínicas e epidemiológicas de pacientes com e sem sepse nas unidades de terapia intensiva de um hospital terciário

ABSTRACT Objective To describe the clinical and epidemiological features of patients with and without sepsis at critical care units of a public hospital. Methods A cross-sectional study was carried out from May 2012 to April 2013. Clinical and laboratory data of patients with and without sepsis in the intensive care units were reviewed of medical records. Results We evaluated 466 patients, 58% were men, median age was 40 years, and 146 (31%) of them were diagnosed with sepsis. The overall mortality was 20% being significantly higher for patients with sepsis (39%). The factors associated with intensive care unit mortality were the presence of sepsis (OR: 6.1, 95%CI: 3.7-10.5), age (OR: 3.6, 95%CI: 1.4-7.2), and length of hospital stay (OR: 0.96, 95%CI: 0.94-0.98). Pulmonary (49%) and intra-abdominal (20%) infections were most commonly identified sites, and coagulase-negative staphylococci and enteric Gram negative bacilli the most frequent (66%) pathogens isolated. Conclusion Although the impact of sepsis on mortality is related to patients' clinical and epidemiological characteristics, a critical evaluation of these data is important since they will allow the direct implementation of local policies for managing this serious public health problem.

RESUMO Objetivo Descrever as características clínicas e epidemiológicas de pacientes com sepse e sem sepse em unidades de cuidados intensivos de um hospital público. Métodos Estudo transversal realizado de maio de 2012 a abril de 2013. Os dados clínicos e laboratoriais de pacientes com sepse e sem sepse das unidades de terapia intensiva foram revisados a partir dos prontuários médicos. Resultados Avaliamos 466 pacientes, 58% homens, mediana de idade 40 anos; sendo 146 (31%) diagnosticados com sepse. A mortalidade global foi 20%, e significativamente maior para pacientes com sepse (39%). Os fatores associados à mortalidade em unidade de terapia intensiva foram a presença de sepse (OR: 6,1, IC95%: 3,7-10,5), idade (OR: 3,6, IC95%: 1,4-7,2) e tempo de internação (OR: 0,96, IC95%: 0,94-0,98). As infecções pulmonares (49%) e intra-abdominais (20%) foram os focos mais comumente identificados, e os estafilococos coagulase-negativa e bacilos entéricos Gram-negativos foram os patógenos isolados mais frequentes (66%). Conclusão Embora o impacto da sepse sobre a mortalidade esteja relacionado às características clínicas e epidemiológicas dos pacientes, uma avaliação crítica desses dados é importante, pois permitirá a implementação direta de políticas locais para gerenciar este grave problema de saúde pública.

Genetic diversity and molecular survey of Trypanosoma (Megatrypanum ) theileri in cattle in Brazil's western Amazon region / Diversidade genética e levantamento molecular de Trypanosoma (Megatrypanum) theileri em bovinos na região da Amazônia Ocidental do Brasil

Abstract Trypanosoma (Megatrypanum) theileri is a flagellated protozoan that infects ruminants and it displays high genetic diversity. In this study, we investigated the prevalence rates of this protozoan based on hemoculture and molecular diagnosis. The isolates of T. theileri thus obtained were characterized by molecular markers SSU rDNA and gGAPDH and molecular diagnosis based on Cathepsin L-like gene (PCR-TthCATL). The PCR-TthCATL and hemoculture indicated an overall prevalence rate of 8.13%, and the CATL derived sequence named IB was identified for the first time in cattle in the western Amazon region, as well as IF in Brazil. We also describe a possible new PCR-TthCATL derived sequence in cattle, designated IL.

Resumo Trypanosoma (Megatrypanum) theileri é um protozoário flagelado que infecta ruminantes e apresenta alta diversidade genética. Neste estudo, investigamos as taxas de prevalência deste protozoário com base na hemocultura e no diagnóstico molecular. Os isolados de T . theileri obtidos foram caracterizados pelos marcadores moleculares SSU rDNA e gGAPDH e o diagnóstico molecular foi baseado no gene do tipo Catepsina L (PCR-TthCATL). O PCR-TthCATL e a hemocultura indicaram uma taxa de prevalência total de 8,13% e a sequência derivada do gene Catepsina L denominada IB de T. theileri foi identificada pela primeira vez em bovinos da Amazônia Ocidental, bem como a IF no Brasil. Também descrevemos uma possível nova sequência derivada da PCR-TthCATL em bovinos, designada IL.

Polymerase Chain Reaction and blood culture for diagnosis of canine sepsis / Reação em Cadeia da Polimerase e hemocultura para diagnóstico de sepse canina

ABSTRACT: Sepsis is characterized by the presence of organ dysfunction secondary to the dysregulated systemic inflammatory response associated with an infection, and has high mortality rates. Traditional diagnostic techniques based on non-microbiological isolation are time-consuming and may delay treatment. Thus, this study aimed to compare bacterial and fungal broad-range polymerase chain reaction (PCR) and blood culture for diagnosis of sepsis in dogs. Blood samples from 88 dogs with suspected sepsis were analyzed by blood culture, and PCR to detect bacterial and fungal DNA. On blood culture, 20 (22.7%) samples tested positive for bacterial isolates; however, none tested positive for fungi. Through PCR analysis, bacterial DNA was detected in 46 (52.3%) animals, whereas fungal DNA was present in one (1.1%) sample. Our results showed that PCR-based testing has important diagnostic value for canine blood infections because it has a shorter turnaround time and higher sensitivity than traditional blood culture.

RESUMO: Sepse se caracteriza pela presença de disfunção orgânica secundária à resposta inflamatória sistêmica desregulada, associada a uma infecção com elevadas taxas de mortalidade. As técnicas tradicionais baseadas no isolamento microbiológico são demoradas e podem atrasar o tratamento. O objetivo deste estudo foi comparar a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) bacteriana e fúngica e hemocultura em cães com sepse. Foram analisadas 88 amostras de sangue de cães com suspeita de sepse por meio de hemocultura e PCR para detectar DNA bacteriano e fúngico. Nas culturas sanguíneas, 20 (22,7%) amostras foram positivas para isolados bacterianos. No entanto, nenhuma amostra foi positiva para fungos. Através da análise por PCR, o DNA bacteriano foi detectado em 46 animais (52,3%), enquanto que o DNA fúngico estava presente em uma amostra (1,1%). Neste caso, a PCR apresenta importante valor diagnóstico em cães com infeções sanguíneas devido a sua rapidez e maior sensibilidade do que a isolamento por hemocultura.

Deep tissue culture and hemoculture in dogs with wounds and sepsis / Cultura de tecido profundo e hemocultura em cães com feridas e sepse

Contaminated and infected wounds occur very frequently in veterinary medicine and can cause systemic inflammatory response syndrome, sepsis, and death. This study aimed to test the feasibility of collecting wound material by deep-tissue or punch biopsy for microbial culture, determine the frequency of bacteria in the wound(s) and blood cultures and the susceptibility of these microbes to antimicrobials, and evaluate clinical parameters that could be related to prognosis. Thirty dogs with wounds and signs of SIRS/sepsis were included in this study. Bacteria were isolated from all wounds and 41 bacterial isolates could be identified based on culture of the materials collected by punch biopsy; 53.66% of the isolates were gram-negative, mainly involving Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, and Enterococcus spp., and 46.34% were gram-positive bacteria such as Streptococcus spp., Enterococcus spp., and Staphylococcus spp. The survival rate was 66.67%. Based on blood culture analysis, we identified bacteremia in seven patients, predominantly of gram-negative bacteria, which negatively affected patient survival, as six dogs died. Hypoglycemia (≤60mg/dL) and severe hyperglycemia (≥180mg/dL) also negatively affected survival as 23.33% of the hypo/hyperglycemic dogs died. Factors such as blood lactate level at admission and hematocrit levels, and mean arterial pressure were not significantly correlated with death or survival of the dogs.(AU)

As feridas contaminadas e infectadas em cães ocorrem com grande frequência na medicina veterinária e podem causar síndrome da resposta inflamatória sistêmica, sepse e morte. Os objetivos do presente trabalho foram verificar a viabilidade da técnica de coleta de material da ferida por biópsia para realização de cultura microbiana, determinar a frequência das bactérias nas culturas das feridas e hemoculturas e a susceptibilidade destes agentes aos antimicrobianos, bem como avaliar parâmetros clínicos que pudessem ser relacionados ao prognóstico em 30 cães com feridas e sinais de SIRS/sepse. Foram isoladas bactérias de todas as feridas e a técnica de coleta de material para cultura por biópsia permitiu a obtenção de 41 agentes microbianos, sendo isoladas 53,66% bactérias Gram negativas e 46,34% Gram positivas, principalmente Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae e Enterococcus spp. As bactérias gram positivas isoladas foram Streptococcus spp., Enterococcus spp. e Staphylococcus spp. A taxa de sobrevivência foi 66,67%. Na hemocultura constatou-se bacteremia em sete pacientes, com predominância de bactérias Gram negativas, o que influenciou negativamente na sobrevivência dos pacientes, pois seis cães vieram a óbito. A hipoglicemia (≤60mg/dL) ou hiperglicemia severa (≥180mg/dL), também influenciaram negativamente a sobrevivência, pois 23,33% dos pacientes hipo/hiperglicêmicos vieram a óbito. Já fatores como nível sérico de lactato na admissão do paciente, pressão arterial média (PAM) e hematócrito não apresentaram correlação estatística com o óbito ou sobrevivência destes pacientes.(AU)